STTNI sebagai lembaga pendidikan tinggi ilmu keagamaan melaksanakan seluruh proses pembelajaran mengacu kepada pasal 1 butir 1 Undang-undang No.20 Tahun 2003 tentang SISDIKNAS dalam melaksanakan pembimbingan seluruh kegiatan di antaranya pembentukan rohani mahasiswa. Statuta bab II, pasal 4 nomor 6  di mana terdapat salah satu unsur visi dan misi institusi yakni, menjadi institusi pendidikan tinggi teologi yang handal secara spiritual, harus terimplementasi dalam kegiatan-kegiatan yang menunjang pembentukan rohani (spiritual formation) bagi mahasiswa STTNI. Adapun kegiatan-kegiatan  meliputi, ibadah kapel yang dilaksanakan di tengah-tengah jam perkuliahan setiap hari Selasa dan Kamis jam 09.00-10.00 WIB.  Kegiatan mentoring dalam format  KTB (Kelompok Tumbuh Bersama) setiap hari Rabu jam 09.00 – 10.00 WIB, di mana mahasiswa akan dibagi dalam kelompok-kelompok kecil untuk  pendalaman dan sharing Firman Tuhan yang  didampingi oleh satu dosen sebagai mentor.  Kemudian kegiatan ibadah pagi di asrama-asrama mahasiswa baik putra maupun putri, dengan dikoordinir oleh pengurus asrama dilaksanakan secara rutin tiap jam 04.30-05.00 WIB dengan tujuan untuk meningkatkan disiplin rohani para mahasiswa/i.  Selain doa pagi, setiap hari Senin, jam 18.00 WIB – 19.00 WIB dilaksanakan ibadah/persekutuan asrama guna menciptakan suasana asrama yang rohani dan meningkatkan relasi sosial  dan kepedulian di antara para mahasiswa sebagai bagian dari civitas akademika STTNI. Dalam rangka membangun disiplin rohani pribadi mahasiswa, kegiatan ibadah doa dan puasa setiap satu bulan sekali pada minggu pertama, menjadi sarana bagi para mahasiswa berkontemplasi membangun kehidupan rohani dan berdampak bagi sesama. Kegiatan doa dan puasa dikoordinir oleh Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) di dalamnya memuat kegiatan doa syafaat bagi bangsa-negara, lembaga gereja dan pendidikan, situasi dan kondisi global, masyarakat, serta beban masalah hidup di antara para mahasiswa. Seluruh kegiatan yang mencakup spiritual formation dirancang dengan sistem yang terkontrol dan dapat dievaluasi setiap akhir semester karena dimonitor melalui data presensi pada kegiatan kapel, KTB.  Melalui kegiatan-kegiatan pembentukan rohani diharapkan mampu menjadi dasar pembentukan karakter mahasiswa yang berintegritas dan bermanfaat bagi masyarakat.